O COPAM tem a seguinte estrutura (em conformidade com o Decreto 46.953/2016):

Art. 4º O COPAM tem a seguinte estrutura:

I - Presidência;

II - Secretaria Executiva;

III - Plenário;

IV - Câmara Normativa e Recursal - CNR;

V - Câmaras Técnicas Especializadas:

a) Câmara de Políticas de Energia e Mudanças Climáticas - CEM;

b) Câmara de Proteção à Biodiversidade e de Áreas Protegidas - CPB;

c) Câmara de Atividades Minerárias - CMI;

d) Câmara de Atividades Industriais - CID;

e) Câmara de Atividades Agrossilvipastoris - CAP;

f) Câmara de Atividades de Infraestrutura de Energia, Transporte, Saneamento e Urbanização - CIF (alterada pelo art. 7º do Decreto 47.565/18.);

g) Câmara de Atividades de Infraestrutura de Energia - CIE; (extinta pelo art. 18 do Decreto 47.565/18.) 

VI - Unidades Regionais Colegiadas - URCs.

As unidades do COPAM se reunirão em sessão pública, com quórum de instalação correspondente ao da maioria absoluta de seus membros, deliberando com a maioria simples dos presentes, independentemente da manutenção do quórum de instalação.