A Coordenadoria de Ecossistemas Florestais, conforme estabelecido no Decreto 44.372 (09/08/2006), tem por finalidade coordenar, orientar e executar as atividades relativas à recuperação de ecossistemas florestais, através do florestamento e do reflorestamento com espécies nativas, exóticas e adaptadas, e do manejo e aprimoramento tecnológico.

Coordena, orienta e executa os programas e projetos de recuperação de ecossistemas florestais, áreas de preservação permanente e manejo das bacias hidrográficas. Para tanto, estabelece parcerias envolvendo entidades públicas e privadas nos programas e projetos da área.

A Coordenadoria orienta e executa a pesquisa, assistência técnica e extensão aplicadas à conservação genética e ao uso sustentado dos recursos naturais renováveis.

Incentiva as atividades ambientalmente sustentáveis integrantes de programas de fomento e recuperação florestal, como, por exemplo, a apicultura.